Ash, Pikachu y sus amigos deben impedir que Mewtwo y un grupo de Genesect destruyan la ciudad.
En su camino a través de la frontera de batalla, Ash y amigos se encuentran con un guardabosques Pokémon que tiene la misión de llevar el huevo de Manaphy a un templo en el suelo del océano. Sin embargo, un codicioso pirata quiere el poder de Manaphy para sí mismo.
Cuando Pikachu es llevado al Árbol de los Comienzos por el juguetón Mew, Ash Ketchum y sus amigos son guiados al árbol por Lucario, un Pokémon desplazado en el tiempo que busca respuestas sobre la traición de su maestro.
Arceus, creador del mundo, viene a juzgar a la humanidad por el robo de la joya de la vida, pero Ash Ketchum y sus amigos son enviados al pasado para descubrir y, posiblemente, revertir los eventos que llevaron a la vendetta de Arceus.
Un pueblo idílico se ve sumido en el caos cuando dos poderosos Pokémon, Dialga y Palkia, se cruzan y luchan, distorsionando las dimensiones del tiempo y el espacio. La única esperanza viene de la mano de Darkrai, un sombrío Pokémon rechazado por la gente del pueblo.
